1 stycznia 1981 r., biskup pelpliński wydał dekret o objęciu przez o.o. franciszkanów z Wejherowa opieką duszpasterską mieszkańców terenów wsi Bieszkowice, Nowy Dwór Wejherowski, Reszki i Zbychowo. Od tego roku franciszkanie podjęli starania w celu organizacji miejsca, w którym mogłyby być odprawiane Msze Św. dla miejscowej ludności.
Z uwagi na ówczesną sytuacje polityczną trudno było myśleć o oficjalnej budowie kościoła, pojawiła się jednak nadzieja na stworzenie choćby punktu katechetycznego.
16 marca 1981 r. franciszkanie - o. Florentyn i o. Emilian - odwiedzili sołtysa Nowego Dworu Wejherowskiego, Edmunda Stubę, który gotów był przeznaczyć na ten cel budynek gospodarczy (chlew), wybudowany na jego ziemi.
Na zebraniu wiejskim, które odbyło się 20 marca w Szkole Podstawowej w Nowym Dworze Wejherowskim, ustalono, że zbiórką pieniędzy na budowę przyszłego kościoła zajmie się Pan Jan Malinowski.
Termin rozpoczęcia budowy wyznaczono na 22 maja, jednak faktycznie prace zapoczątkowano dzień wcześniej, uznano bowiem, że niezbyt szczęśliwie byłoby zaczynać w piątek.
Wstępnie przewidywano, że wiecha zawiśnie 23 czerwca, nie sądzono jednak, by termin ten mógł być realny.
25 maja udał się wylać fundamenty, które poświęcił o. Florentyn, a 1 czerwca stawianie murów - głównym budowniczym był Pan Teodor Bochentin. W pracach uczestniczyło wielu mieszkańców pobliskich wsi.
Na zebraniu ogólnym, 18 czerwca, o. Florentyn poinformował o otrzymaniu z Urzędu Wojewódzkiego oficjalnego pozwolenia na powstanie punktu katechetycznego. Jednocześnie prosił o dalszą mobilizację i zaangażowanie w prace budowlane.
Pierwszą mszę Św. o. Florentyn odprawił już 23 czerwca o godz. 19:00, a po niej poświęcił mury nowego kościoła.
W latach 1983 roku wszystkie wioski dzisiejszej parafii tj. Bieszkowice (Parafia w Kielnie), Zbychowo i Reszki (Parafia w Redzie), Nowy Dwór Wejherowski (Franciszkanie Wejherowo) zostały przyłączone do Parafii Franciszkańskiej w Wejherowie. Kaplica w Nowym Dworze Wejheroskim funkcjonowała 4 lata.
Samodzielna parafia pw. Stygmatów Św. Franciszka została erygowana 1 marca 1987 r., której proboszczem został mianowany ks. Jan Pawłowski.